Existen tres niveles de autoevaluación a nivel organizacional: un nivel gerencial o estratégico, un nivel funcional y un nivel operativo.
En el nivel estratégico se realiza el diagnostico, la planeación, el seguimiento y la evaluación general al plan de desarrollo institucional, a la misión y la visión institucional. al modelo pedagógico y al proyecto educativo institucional (PEI)
En el nivel funcional cada dependencia de apoyo a los programas académicos, para el éxito de sus objetivos de educación superior, realiza el diagnostico, la planeación el seguimiento y la ejecución de un plan de mejoramiento especifico a su función.
En el nivel operativo las facultades con sus programas académicos evalúan las condiciones de calidad para efecto del registro calificado para programas a crear o en funcionamiento, evalúan los elementos del currículo y cuando sea seleccionado su programa, trabajará en la acreditación de alta calidad. También a este nivel se construye un plan de mejoramiento articulado con el plan de desarrollo que será evaluado semestralmente.